La trop forte bureaucratie et l'augmentation excessive du nombre de contr\u00f4les sont l'un des principaux probl\u00e8mes de l'agriculture suisse. Le Conseil f\u00e9d\u00e9ral s'est d'ailleurs engag\u00e9 \u00e0 baisser le nombre de contr\u00f4les agricoles (cf. r\u00e9ponse du CF \u00e0 la motion Page 24.3020). Dans le cadre du rapport du 13.06.2025 sur les nouveaux accords institutionnels Suisse - UE, le CF a mis en consultation une modification de la loi f\u00e9d\u00e9rale sur les denr\u00e9es alimentaires et les objets usuels (LDAI ; RSF 817.0). Ce projet de r\u00e9vision int\u00e8gre, dans de tr\u00e8s nombreux articles, des renvois aux r\u00e8glements de l'UE, lesquels priment la loi f\u00e9d\u00e9rale (art. 3 \"Relation avec le protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments\"). L'art. 3 let. a mentionne express\u00e9ment la primaut\u00e9 du r\u00e8glement UE 2017/625. Le r\u00e8glement UE 2017/625 est un r\u00e8glement de pas moins de 142 pages qui r\u00e9gissent de tr\u00e8s nombreux contr\u00f4les portant sur la sant\u00e9 animale, le bien-\u00eatre animal, la sant\u00e9 des v\u00e9g\u00e9taux, l'utilisation des produits phytopharmaceutiques.
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Le 13 juin dernier, le Conseil f\u00e9d\u00e9ral a ouvert la consultation relative au paquet \u00ab stabilisation et d\u00e9veloppement des relations Suisse-UE \u00bb. Ce dernier vise \u00e0 consolider des relations bilat\u00e9rales qui ont port\u00e9 leurs fruits et \u00e0 garantir \u00e0 l\u2019avenir le fonctionnement des accords existants (libre circulation des personnes, entraves techniques au commerce [ARM], transports a\u00e9riens et terrestres, agriculture). Il s\u2019agit en outre d\u2019\u00e9largir la coop\u00e9ration de la Suisse avec l\u2019UE dans des domaines strat\u00e9giques (sant\u00e9, \u00e9lectricit\u00e9 et s\u00e9curit\u00e9 des aliments). L\u2019accord du 21 juin 1999 entre la Conf\u00e9d\u00e9ration suisse et la Communaut\u00e9 europ\u00e9enne relatif aux \u00e9changes de produits agricoles (RS 0.916.026.81, ci-apr\u00e8s \u00ab accord agricole \u00bb), qui fait partie du paquet, comprendra \u00e0 l\u2019avenir deux volets : une partie agricole et une partie sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments. Cette derni\u00e8re sera nouvellement r\u00e9glement\u00e9e par un protocole \u00e9tablissant un espace commun de s\u00e9curit\u00e9 des aliments (ci-apr\u00e8s \u00ab protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments \u00bb). L\u2019espace commun vise \u00e0 renforcer la s\u00e9curit\u00e9 des denr\u00e9es alimentaires dans l\u2019UE et en Suisse tout au long de la cha\u00eene agroalimentaire. Il englobe les aspects suivants, d\u00e9taill\u00e9s dans les annexes de l\u2019accord agricole : la sant\u00e9 des v\u00e9g\u00e9taux (annexe 4), l\u2019alimentation animale (annexe 5), les semences (annexe 6), le commerce d\u2019animaux vivants et de produits animaux (annexe 11), ainsi que d\u00e9sormais les denr\u00e9es alimentaires d\u2019origine v\u00e9g\u00e9tale et l\u2019autorisation des produits phytosanitaires.
Le volet agricole regroupe, comme c\u2019\u00e9tait d\u00e9j\u00e0 le cas, les annexes 1 \u00e0 3 (concessions tarifaires et libre-\u00e9change du fromage) et les annexes 7 (commerce de produits viti-vinicoles), 8 (boissons spiritueuses), 9 (produits agricoles et denr\u00e9es alimentaires obtenus selon le mode de production biologique), 10 (reconnaissance des contr\u00f4les de conformit\u00e9 aux normes de commercialisation pour les fruits et l\u00e9gumes frais) et 12 (protection des appellations d\u2019origine et des indications g\u00e9ographiques des produits agricoles et des denr\u00e9es alimentaires). Ces annexes continueront de s\u2019appliquer comme jusqu\u2019\u00e0 pr\u00e9sent et ne seront pas concern\u00e9es par la reprise dynamique du droit. Malgr\u00e9 ces accords, une harmonisation des politiques agricoles de la Suisse et de l\u2019UE reste exclue. Cela signifie que la Suisse restera souveraine dans l\u2019\u00e9laboration de sa politique agricole et qu\u2019elle pourra l\u00e9gif\u00e9rer sur son syst\u00e8me de paiements directs de mani\u00e8re autonome.
1., 2. et 5. L\u2019annexe I du protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments \u00e9num\u00e8re tous les actes juridiques de l\u2019UE s\u2019appliquant \u00e0 l\u2019espace commun de s\u00e9curit\u00e9 des aliments et donc, \u00e0 l\u2019avenir, aussi \u00e0 la Suisse. Le r\u00e8glement (UE) 2017/625, qui r\u00e9git les contr\u00f4les officiels le long de la cha\u00eene agroalimentaire, en fait partie. Il \u00e9tablit notamment que la fr\u00e9quence des contr\u00f4les doit \u00eatre d\u00e9termin\u00e9e en fonction du niveau de risque. Dans certains domaines, le r\u00e8glement fixe des fr\u00e9quences minimales afin de garantir des niveaux de contr\u00f4le identiques dans tous les pays participant \u00e0 l\u2019espace commun de s\u00e9curit\u00e9 alimentaire. \u00c9tant donn\u00e9 que la Suisse a d\u00e9j\u00e0 largement align\u00e9 sa l\u00e9gislation en la mati\u00e8re sur celle de l\u2019UE, les principes de base des contr\u00f4les officiels sur son territoire sont les m\u00eames que dans l\u2019UE. L\u2019application du r\u00e8glement (UE) 2017/625 pourrait toutefois conduire, de mani\u00e8re ponctuelle, \u00e0 des contr\u00f4les suppl\u00e9mentaires, par exemple dans le domaine phytosanitaire. Le r\u00e8glement ne s\u2019appliquera en Suisse qu\u2019aux secteurs relevant de l\u2019espace commun de s\u00e9curit\u00e9 des aliments. Il ne concernera donc pas les domaines exclus de cet espace, tels que les paiements directs, ni les exceptions pr\u00e9vues par le protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments, comme celles relatives aux organismes g\u00e9n\u00e9tiquement modifi\u00e9s. S\u2019agissant des paiements directs, le Conseil f\u00e9d\u00e9ral pr\u00e9voit d\u2019adopter des mesures visant \u00e0 all\u00e9ger la charge li\u00e9e aux contr\u00f4les sur les exploitations, vraisemblablement dans le cadre du prochain train d\u2019ordonnances.
3. et 4. Le r\u00e8glement (UE) 2017/625 est mentionn\u00e9 \u00e0 l\u2019annexe I du protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments et s\u2019applique en Suisse. Afin de refl\u00e9ter les \u00e9volutions l\u00e9gislatives, le protocole pr\u00e9voit une reprise dynamique du droit, qui se limite \u00e0 la poursuite de ses objectifs et aux domaines relevant de son champ d\u2019application. Cette approche vise \u00e0 garantir l\u2019uniformit\u00e9 permanente des r\u00e8gles au sein de l\u2019espace commun de s\u00e9curit\u00e9 des aliments. Toutefois, les mises \u00e0 jour du protocole restent soumises \u00e0 l\u2019accord syst\u00e9matique de la Suisse et de l\u2019UE, excluant ainsi tout automatisme. La Suisse continuera, de son c\u00f4t\u00e9, \u00e0 appliquer ses proc\u00e9dures nationales habituelles en mati\u00e8re d\u2019approbation des trait\u00e9s internationaux. Les int\u00e9r\u00eats essentiels de la Suisse seront notamment pr\u00e9serv\u00e9s par des exceptions \u00e0 l\u2019obligation de reprise dynamique du droit (voir r\u00e9ponse \u00e0 la question 6). D\u00e8s lors que des modifications du r\u00e8glement (UE) 2017/625 concerneront le champ d\u2019application du protocole et non une exception, les parties devront les int\u00e9grer dans l\u2019annexe I du protocole, conform\u00e9ment \u00e0 l\u2019obligation de reprise dynamique du droit. L\u2019art. 3 de la loi sur les denr\u00e9es alimentaires (RS 817.0) doit donc pr\u00e9ciser le rapport qu\u2019entretient cette loi avec les actes juridiques de l\u2019UE applicables selon l\u2019annexe I du protocole.
6. L\u2019art. 7 du protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments r\u00e8gle les exceptions \u00e0 l\u2019obligation de reprise dynamique du droit. Dans le cadre de ces exceptions, la Suisse n\u2019est pas tenue de reprendre le droit europ\u00e9en et peut continuer d\u2019appliquer ses propres dispositions qui divergent du droit de l\u2019UE. L\u2019une de ces exceptions concerne la diss\u00e9mination volontaire d\u2019organismes g\u00e9n\u00e9tiquement modifi\u00e9s dans l\u2019environnement et la mise sur le march\u00e9 de produits qui sont des organismes g\u00e9n\u00e9tiquement modifi\u00e9s ou qui en contiennent ainsi que de denr\u00e9es alimentaires et d\u2019aliments pour animaux qui en sont issus. La Suisse peut donc continuer \u00e0 r\u00e9glementer ce domaine de mani\u00e8re autonome sous r\u00e9serve des conditions pr\u00e9vues par le protocole. Par cons\u00e9quent, l\u2019art. 23 du r\u00e8glement (UE) 2017/625 n\u2019est pas applicable et n\u2019aura aucune incidence sur le moratoire actuel sur le g\u00e9nie g\u00e9n\u00e9tique.
7. et 8. La question des diff\u00e9rends n\u2019est pas trait\u00e9e de la m\u00eame mani\u00e8re selon qu\u2019il s\u2019agit de la partie agricole ou de la partie sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments. La partie agricole de l\u2019accord int\u00e8gre un m\u00e9canisme de r\u00e8glement des diff\u00e9rends, destin\u00e9 \u00e0 r\u00e9soudre les difficult\u00e9s d\u2019interpr\u00e9tation ou d\u2019application de ses dispositions. Ce m\u00e9canisme repose sur un tribunal arbitral, sans implication de la Cour de justice de l\u2019Union europ\u00e9enne. En cas de non-respect d\u2019une d\u00e9cision du tribunal arbitral, la partie adverse peut prendre d\u2019\u00e9ventuelles mesures de compensation seulement dans le cadre de l\u2019accord agricole ou du protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments (art. 7b du protocole d\u2019amendement de l\u2019accord agricole).
La partie relative \u00e0 la s\u00e9curit\u00e9 des aliments pr\u00e9voit \u00e9galement un m\u00e9canisme arbitral, conforme aux r\u00e8gles applicables \u00e0 l\u2019ensemble des accords bilat\u00e9raux relatifs au march\u00e9 int\u00e9rieur conclus avec l\u2019UE. Si le comit\u00e9 mixte pour la s\u00e9curit\u00e9 des aliments ne parvient pas \u00e0 trouver une solution dans un d\u00e9lai de trois mois \u00e0 compter de la date \u00e0 laquelle le diff\u00e9rend lui a \u00e9t\u00e9 soumis, la Suisse ou l\u2019UE peut demander l\u2019intervention d\u2019un tribunal arbitral (art. 20, al. 2, du protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments). Si la Suisse refuse de reprendre un acte juridique de l\u2019UE contest\u00e9 dans le domaine de la s\u00e9curit\u00e9 des aliments, bien que le tribunal arbitral ait conclu que cet acte rel\u00e8ve du champ d\u2019application du protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments et ne constitue pas une exception, l\u2019UE peut adopter des mesures de compensation proportionn\u00e9es dans le cadre de l\u2019accord agricole (y compris dans la partie agricole) ou de tout autre accord bilat\u00e9ral relatif au march\u00e9 int\u00e9rieur (art. 21 du protocole sur la s\u00e9curit\u00e9 des aliments).
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