Les arr\u00eats du Tribunal f\u00e9d\u00e9ral du 22 novembre 2022 et du 3 avril 2023 ont pr\u00e9cis\u00e9 que la couverture du d\u00e9ficit entre services d\u2019une m\u00eame collectivit\u00e9 publique ne constitue pas une subvention au sens de la TVA et ne doit d\u00e8s lors pas entra\u00eener de diminution de la d\u00e9duction de l\u2019imp\u00f4t pr\u00e9alable.
\u00c0 la suite de cette jurisprudence, plusieurs collectivit\u00e9s publiques ont entrepris des d\u00e9marches afin d\u2019obtenir le remboursement r\u00e9troactif des montants de l'imp\u00f4t pr\u00e9alable acquitt\u00e9s \u00e0 tort au cours des cinq ann\u00e9es pr\u00e9c\u00e9dentes.
Or, certaines communes se voient aujourd\u2019hui opposer un refus de l\u2019Administration f\u00e9d\u00e9rale des contributions (AFC) au motif qu\u2019un contr\u00f4le TVA avait d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9 avant que cette jurisprudence ne soit connue ou appliqu\u00e9e, m\u00eame lorsque les collectivit\u00e9s concern\u00e9es n\u2019avaient alors aucune raison de contester la pratique en vigueur.
Cette situation soul\u00e8ve une question d\u2019\u00e9galit\u00e9 de traitement entre collectivit\u00e9s publiques. En effet, une commune n\u2019ayant pas fait l\u2019objet d\u2019un contr\u00f4le TVA durant cette p\u00e9riode pourrait obtenir un remboursement r\u00e9troactif, tandis qu\u2019une commune contr\u00f4l\u00e9e avant l\u2019\u00e9volution jurisprudentielle en serait priv\u00e9e.
Dans ce contexte, le Conseil f\u00e9d\u00e9ral est pri\u00e9 de r\u00e9pondre aux questions suivantes :
Questions 1 et 2 : Conform\u00e9ment \u00e0 l\u2019art. 43, al. 2, de la loi du 12 juin 2009 sur la TVA (RS 641.20), une cr\u00e9ance fiscale entr\u00e9e en force ne peut plus \u00eatre modifi\u00e9e, sous r\u00e9serve des exceptions pr\u00e9vues par la loi. Ainsi, le droit fiscal pr\u00e9voit, en vertu de l\u2019art. 127, al. 1, Cst., un numerus clausus de motifs juridiques permettant de revenir sur une d\u00e9cision ou une notification d\u2019estimation entr\u00e9e en force (ATF 151 II 345, consid. 3.4.2). Un arr\u00eat du Tribunal f\u00e9d\u00e9ral modifiant la pratique de l\u2019AFC n\u2019entre pas dans ces exceptions. Cette r\u00e9glementation, entr\u00e9e en vigueur en 2010, a \u00e9t\u00e9 notamment introduite afin d\u2019am\u00e9liorer la s\u00e9curit\u00e9 du droit. L\u2019AFC applique la nouvelle pratique faisant suite \u00e0 la jurisprudence du Tribunal f\u00e9d\u00e9ral \u00e0 l\u2019ensemble des proc\u00e9dures et contr\u00f4les encore pendants, dans la mesure o\u00f9 la cr\u00e9ance fiscale concern\u00e9e n\u2019est pas encore entr\u00e9e en force. En revanche, elle ne peut pas revenir sur des proc\u00e9dures ou contr\u00f4les d\u00e9j\u00e0 cl\u00f4tur\u00e9s pour lesquels la cr\u00e9ance fiscale est entr\u00e9e en force.
Les diff\u00e9rences invoqu\u00e9es d\u00e9coulent ainsi du cadre l\u00e9gal applicable de mani\u00e8re similaire \u00e0 l\u2019ensemble des assujettis et non d\u2019une pratique de l\u2019AFC. Elles ne constituent pas une violation du principe de l\u2019\u00e9galit\u00e9 de traitement.
Question 3 : Il n\u2019est pas possible d\u2019\u00e9tablir en l\u2019\u00e9tat une estimation, m\u00eame tr\u00e8s approximative, du nombre d\u2019assujettis concern\u00e9s. Les donn\u00e9es \u00e0 disposition regroupent en effet toutes les collectivit\u00e9s publiques et ne permettent pas d\u2019isoler les services sp\u00e9cifiquement touch\u00e9s par ce changement de pratique.
On peut en revanche relever que la pratique attaqu\u00e9e devant le Tribunal f\u00e9d\u00e9ral concernait des collectivit\u00e9s publiques qui \u00e9tablissaient leur d\u00e9compte selon la m\u00e9thode effective. 30 % des 8300 collectivit\u00e9s publiques inscrites dans le registre des assujettis entre 2017 et 2022 n\u2019\u00e9taient pas concern\u00e9es par cette pratique, d\u00e8s lors qu\u2019elles \u00e9tablissaient leurs d\u00e9comptes selon la m\u00e9thode des taux forfaitaires. Il convient en outre de relever que, depuis le 1er janvier 2025, la r\u00e9vision de l\u2019ordonnance du 27 novembre 2009 r\u00e9gissant la taxe sur la valeur ajout\u00e9e permet aux collectivit\u00e9s publiques qui abandonnent la m\u00e9thode des taux forfaitaires au profit de la m\u00e9thode effective de faire valoir la d\u00e9duction de l\u2019imp\u00f4t pr\u00e9alable r\u00e9siduel grevant leurs investissements.
Question 4 : Le Conseil f\u00e9d\u00e9ral ne consid\u00e8re pas qu\u2019une intervention l\u00e9gislative ou r\u00e9glementaire soit n\u00e9cessaire. La jurisprudence du Tribunal f\u00e9d\u00e9ral a clarifi\u00e9 le traitement sur le plan de la TVA des flux financiers concern\u00e9s, et l\u2019AFC a adapt\u00e9 sa pratique en cons\u00e9quence. Une modification de la loi dans le sens souhait\u00e9 par l\u2019interpellant conduirait \u00e0 la r\u00e9ouverture de contr\u00f4les ou de proc\u00e9dures d\u00e9j\u00e0 clos lorsqu\u2019une pratique administrative ne serait pas confirm\u00e9e par les tribunaux, qu\u2019elle soit favorable ou d\u00e9favorable aux assujettis. Une telle situation engendrerait une charge administrative importante tant pour les entreprises que pour l\u2019administration et irait \u00e9galement \u00e0 l\u2019encontre de la s\u00e9curit\u00e9 du droit. Le cadre l\u00e9gal actuel permet au contraire de garantir la s\u00e9curit\u00e9 du droit et d\u2019\u00e9viter une charge administrative importante.
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